Naturnahe Gewässer bieten Pflanzen und Tieren zahlreiche Lebensräume. Fließgewässer können Hochwasser abmildern und den Wasserrückhalt verbessern, dienen dem Menschen als Lebensgrundlage, zur Erholung, bereichern das Wohnumfeld und vieles mehr. Intakte Gewässer mit ihrer natürlichen Vielfalt sind jedoch selten geworden. Ausbau, Gewässerunterhaltung und intensive Nutzungen haben dazu geführt, dass unsere Bäche und Flüsse heute oft begradigt, verkürzt und kanalartig ausgebaut sind. Die Wasserqualität und die Funktion als Lebensstätte vieler Arten sind dadurch beeinträchtigt oder auch verloren gegangen.

Die Nutzungsansprüche an unsere Gewässer sind hoch und belasten diese oft erheblich. Häufig wirken auch mehrere Belastungen auf ein Gewässer ein. Bei der Umsetzung der WRRL werden daher die auf die jeweiligen Gewässer einwirkenden Nutzungen und die damit verbundenen Belastungen ermittelt. Führen diese Belastungen dazu, dass ein Gewässer die Umweltziele der WRRL nicht erreicht, sind die Auswirkungen der Belastungen zu benennen und durch geeignete Maßnahmen zu reduzieren. Somit erforderliche Maßnahmen werden in die Maßnahmenprogramme aufgenommen. Diese Vorgehensweise entspricht dem sogenannten DPSIR-Ansatz.: 

In Mecklenburg-Vorpommern verursacht die Nutzung "Landwirtschaft" am häufigsten erhebliche Belastungen an den Oberflächengewässern. Aber auch der Hochwasserschutz, die Stadtentwicklung, der Verkehr und die Wasserkraftnutzung beeinflussen Gewässer wesentlich.

Für das Grundwasser sind diffuse Stoffeinträge aus landwirtschaftlichen Aktivitäten maßgeblich, vereinzelt spielen Wasserentnahmen für Trink- und Brauchwasser sowie das Eindringen von salzhaltigem Wasser (Intrusion) eine Rolle.