Das Ministerium für Klimaschutz, Landwirtschaft, ländliche Räume und Umwelt übernimmt in Mecklenburg-Vorpommern die Gesamtkoordination der rechtlichen, fachlichen und organisatorischen Umsetzung der WRRL. Es bearbeitet Fragen der Bewirtschaftungsplanung und Maßnahmenumsetzung an Standgewässern und koordiniert das Seen-Monitoring. Zudem vertritt das LM Mecklenburg-Vorpommern in überregionalen Gremien und Ausschüssen.

Im Landesamt für Umwelt, Naturschutz und Geologie werden die Fortschreibung der Bewirtschaftungspläne und Maßnahmenprogramme koordiniert und durchgeführt sowie die hierfür erforderlichen Grundlagen in enger Zusammenarbeit mit den StÄLU geschaffen. Dazu zählt u.a. das Gewässermonitoring. Im LUNG werden überregionale Belange bearbeitet, wie beispielsweise die Bewirtschaftung der Küstengewässer oder die Reduzierung von Nährstoffen. Auch die von der EU-Kommission geforderte elektronische Berichterstattung, die Öffentlichkeitsbeteiligung und eine Mitarbeit in überregionalen Gremien werden durch das LUNG wahrgenommen.

In den vier Staatlichen Ämtern für Landwirtschaft und Umwelt erfolgt federführend die Umsetzung der WRRL an den Fließgewässern. Außerdem erfolgt in Zusammenarbeit dem Seenreferat des LM die Bewirtschaftungs- und Maßnahmenplanung für die Seen. In ihrer Funktion als Gewässerkundlicher Landesdienst erarbeiten die StÄLU die wasserwirtschaftlich relevanten Datengrundlagen und werten sie aus. Sie setzen das jeweils gültige Monitoringkonzept um und betreiben die erforderlichen Messnetze. Weiterhin führen sie für die Fließgewässer in den jeweiligen Amtsbereichen u.a. die Defizitanalyse durch, leiten Bewirtschaftungsziele ab und erarbeiten die erforderlichen Maßnahmen. Die StÄLU nehmen wesentliche Aufgaben der Öffentlichkeitsarbeit war, um die Akzeptanz der WRRL-Ziele zu erhöhen und stehen dazu in engem Kontakt zu den Kommunen sowie den Wasser- und Bodenverbänden.

Die Landkreise und kreisfreien Städte als untere Wasserbehörden unterstützen die Umsetzung der WRRL-Vorhaben. Dabei bestimmen die verbindlichen Bewirtschaftungspläne das behördliche Handeln. Die UWB führen insbesondere die erforderlichen wasserrechtlichen Verfahren entsprechend ihrer Zuständigkeit durch. Sie beziehen die StÄLU in die Prüfung von Planunterlagen hinsichtlich der Einhaltung der Belange der EG-WRRL ein.

Die StÄLU begleiten die Maßnahmenumsetzung an Gewässern 2. Ordnung fachlich sowie als Bewilligungsbehörde von Förderanträgen. Für die Gewässer 1. Ordnung sind die StÄLU selbst Maßnahmenträger.

Während die Ausbaupflicht an Gewässern 2. Ordnung den Gemeinden obliegt, sind die Wasser- und Bodenverbände für deren Unterhaltung zuständig. Damit liegt die Umsetzung für einen Großteil aller zur Erreichung der Umweltziele erforderlichen Maßnahmen in der Verantwortung dieser beiden Körperschaften. Gemeinden wie auch WBV´e sind zudem häufig Vorhabenträger bei der Umsetzung von WRRL-Maßnahmen.